GBIF

Innehåll på sidan

Om infrastrukturen
GBIF:s vision
GBIF:s uppdrag
Tjänster
Verktyg
Databaser
Samarbeten
Resurser och länkar
Evenemang
Utvalda publikationer
Mailing address
Kontakt med infrastrukturen

Om infrastrukturen

GBIF, eller Global Biodiversity Information Facility, är en central organisation inom området för biodiversitetsinformatik och biodiversitetsdata. Organisationens huvudsakliga mål är att främja tillgängligheten av information om biologisk mångfald över hela världen.

Detta görs genom att samla in, organisera, standardisera och dela data om planetens rika flora och fauna. GBIF fungerar som en global infrastruktur som strävar efter att koppla samman forskare, myndigheter och organisationer över hela världen för att uppnå detta mål.

GBIF Sweden drivs av Naturhistoriska riksmuseet

I Sverige är den svenska noden inom GBIF känd som "GBIF Sweden". GBIF Sweden är en viktig del av denna globala infrastruktur och har som mål att samla in och tillhandahålla biodiversitetsdata från och om Sverige. Genom att bidra med svenska data till GBIF:s globala databas spelar GBIF Sweden en avgörande roll i att öka vår förståelse för Sveriges och världens biologiska mångfald och hur den förändras över tid och rum.

GBIF erbjuder en bred överblick och information om biologisk mångfald och omfattar allt från arter och deras utbredning till ekosystem och miljöförändringar. GBIF tillhandahåller också en mängd olika tjänster, inklusive databasåtkomst, visualisering och analysverktyg, som hjälper forskare att effektivt utforska och använda biodiversitetsdata för banbrytande forskning.

Vikten av GBIF som en forskningsinfrastruktur kan inte underskattas. Tillgång till omfattande biodiversitetsdata, inklusive data från GBIF Sweden, är avgörande för att förstå och skydda vår planets biologiska mångfald.

Denna information används inom samtliga forskningsfält Länk till annan webbplats. men framförallt inom discipliner som ekologi, biogeografi, klimatstudier och bevarande av hotade arter. GBIF möjliggör globalt samarbete och kunskapsdelning som är nödvändig för att lösa de komplexa miljöutmaningar vi står inför och för att säkerställa att vår världs biologiska arv bevaras för framtida generationer.

GBIF:s vision

En värld där de bästa möjliga biodiversitetsdata ligger till grund för forskning, politik och beslut.

GBIF:s uppdrag

Att mobilisera data, kompetens och teknologier som behövs för att göra information om biodiversitet fritt tillgänglig för forskare och beslutsfattare som hanterar och främjar biologisk mångfald och hållbar utveckling.

Tjänster

GBIF arbetar med öppna data och stödjer helt principerna om öppen vetenskap, FAIR Länk till annan webbplats. (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) och CARE Länk till annan webbplats. (Collective benefit, Authority to control, Responsibility, Ethics).

Förstora bilden

Samtliga data och multimedia förses med Creative Commons Länk till annan webbplats. licenser (CC0, CC-BY eller CC-BY-NC). Alla dataset och filtrerade nerladdningar förses med unika digitala identifierare (doi:er) för att underlätta datacitering och spårbarhet.

Databasåtkomst: Tillgång till en omfattande databas med biodiversitetsdata från hela världen via www.gbif.org Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster. och www.gbif.se Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster..
Datakvalitetskontroll: Verifiering och kontroll av datakvalitet för att säkerställa pålitliga resultat, e. ex genom GBIF:s Data Validator Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster..
Datastandardisering: Standardisering av dataformat och metadata för en enhetlig, interoperabel och långsiktig datahantering.
Datavisualisering: Verktyg för att visualisera och utforska biodiversitetsdata i kartor, diagram och grafer.
Analysverktyg: Verktyg för att analysera och dra slutsatser från biodiversitetsdata, t.ex. genom R- och Pythonpaket.
Datainsamling och delning: Stöd för forskare och organisationer att samla in och dela sina egna biodiversitetsdata.
Utbildning och kapacitetsbyggande: Utbildningsresurser och evenemang för att öka medvetenheten om biodiversitetsdata och dess användning.
Globalt samarbete: Möjlighet att delta i globala forskningsprojekt och samarbeten inom biodiversitetsdata.
Policyutveckling: Bidrag till utvecklingen av policys och riktlinjer för användning och delning av biodiversitetsdata.
Support: Support och teknisk hjälp för att underlätta mobilisering och användning av biodiversitetsdata.

Som medlemsnation i GBIF får man möjlighet att delta i olika samarbetsprogram och söka medel för kompetenshöjande aktiviteter inom t.ex. CESP Länk till annan webbplats.-programmet (Capacity Enhancement Support Programme). Ansökningar koordineras via den svenska noden och ska inkludera samarbete med minst en annan medlemsnation.

GBIF administrerar årliga priser till forskare och utvecklare inom området för biodiversitetsinformatik. Nomineringar av kandidater till Ebbe Nielsen Challenge Länk till annan webbplats. och GBIF Graduate Researchers Award Länk till annan webbplats., som är aktiva i Sverige sker via den svenska noden. Information om utlysningar läggs årligen ut på www.gbif.se Länk till annan webbplats..

Som medlemsnation har svenska organisationer och intressenter möjlighet att söka stöd för att sätta upp en så kallad ’Hosted portal’. Det är mer eller mindre en filtrerad dataportal av gbif.org, där skärningen kan ske på önskad nivå, exempelvis på region, land, organisation eller taxonomisk nivå. Portalen kan anpassas tekniskt och visuellt efter organisationens behov och designpreferenser. GBIF tillhandahåller stöd och tekniska resurser för att hjälpa organisationen att etablera och underhålla portalen. Denna portal fungerar som en plattform för att visa och sprida organisationens biodiversitetsdata för att främja global spridning och användning av dessa data. Kontakta den svenska nodledaren om er organisation är intresserad av att ansöka om en egen biodiversitetsportal. Läs mer på https://www.gbif.org/hosted-portals Länk till annan webbplats.

En överblick över GBIF:s dataägare, dataflöden och dataanvändning.

Verktyg

Publiceringsverktyg för biodiversitetsdata

GBIF Sweden ansvarar för och administrerar den nationella instansen Länk till annan webbplats. av GBIF:s centrala publiceringsverktyg, IPT (Integrated Publishing Toolkit). Det är en värdefull resurs för organisationer och forskare som vill dela biodiversitetsdata med en bredare publik. IPT är utvecklat med öppen källkod, vilket innebär att det är fritt tillgängligt och anpassningsbart för olika behov. Verktyget har ett enkelt användargränssnitt som gör det möjligt för användare att enkelt strukturera, kvalitetskontrollera och publicera biodiversitetsdata i standardiserade format. Vill man som dataägare ha hjälp med datapubliceringen via IPT:n så hjälper vi gärna till.

IPT erbjuder flera fördelar, inklusive:

Datastandardisering: IPT hjälper användare att följa etablerade biodiversitetsdatastandarder och metadataformat, vilket säkerställer att data kan jämföras och integreras med andra dataset.
Kvalitetskontroll: Verktyget innehåller inbyggda funktioner för datakvalitetskontroll och validering, vilket hjälper till att säkerställa att de publicerade data är tillförlitliga.
Anpassningsbarhet: IPT kan anpassas och konfigureras för att passa olika projekt och organisationers behov, vilket gör det flexibelt och användarvänligt.
Effektiv publicering: Genom IPT kan användare enkelt publicera sina data till GBIF-nätverket och göra dem tillgängliga för en global publik, vilket främjar datautbyte och samarbete.
Community-stöd: IPT är en del av GBIF-gemenskapen och stöds av experter och resurser som kan hjälpa användare med att effektivt publicera och hantera sina biodiversitetsdata.

Sammanfattningsvis är GBIF:s IPT ett kraftfullt verktyg som underlättar spridningen och tillgängligheten av biodiversitetsdata, vilket i sin tur främjar forskning, bevarande och hållbar utveckling över hela världen. Det är lätt att följa versioner bakåt i tiden och det är även via IPT:n som stabila digitala identifierare (doi:er) tilldelas.

Verktyg för dataåtkomst och analys

GBIF:s API:er Länk till annan webbplats. (Application Program Interface) är kraftfulla verktyg som ger användare möjlighet att hämta och arbeta med biodiversitetsdata från GBIF:s omfattande databas. Dessa API:er ger programmatisk åtkomst till data om arter, observationer, geografisk information och mycket mer. Genom att använda GBIF:s API:er kan utvecklare och forskare integrera biodiversitetsdata i sina egna applikationer, analyser och projekt, vilket möjliggör mer flexibla och skräddarsydda lösningar för att utforska och dra nytta av biologisk mångfaldsinformation.

GBIF:s R-paket, rgbif Länk till annan webbplats. är ett verktyg för att hämta och utforska biodiversitetsdata från GBIF:s databas direkt i R-programmeringsmiljön. Det ger R-användare enkel och programmatisk åtkomst till biodiversitetsdata. Med hjälp av rgbif kan forskare och datavetare effektivt integrera GBIF-data i sina analyser, visualiseringar och projekt inom R, vilket möjliggör mer djupgående och anpassade studier av biologisk mångfald och ekosystem. Det är exempelvis ett värdefullt verktyg för dem som arbetar med biodiversitetsdata och statistisk analys i R-miljön. Motsvarande paket finns för Python-användare och kallas pygbif Länk till annan webbplats..

Databaser

Åtkomst av biodiversitetsdata

Data som tillgängliggörs av GBIF Sweden är sökbar i flera dataportaler. Den nationella websidan för GBIF Sweden (www.gbif.se Länk till annan webbplats.), SBDI:s dataportal (https://tools.biodiversitydata.se/ Länk till annan webbplats.) samt i den globala dataportalen (www.gbif.org Länk till annan webbplats.).

GBIF:s dataportal är en central digital plattform som möjliggör tillgång till och utforskning av biodiversitetsdata från hela världen. Portalen fungerar som en omfattande resurs som samlar och tillhandahåller en enorm mängd information om planetens biologiska mångfald.

De dataset som tillgängliggörs av GBIF Sweden finns även tillgängliga via vårt publiceringsverktyg, IPT (https://www.gbif.se/ipt/ Länk till annan webbplats.).

Vilken data finns tillgänglig?

GBIF Sweden tillgängliggör flera olika datatyper. Den enklaste formen består endast av metadata, d.v.s. beskrivande information om ett dataset. Det kan exempelvis användas vid publicering av känslig data då man inte vill dela artobservationer, men ändå uppmärksamma forskare och andra potentiella användare på att data finns tillgängligt och kan begäras ut om vissa kriterier uppfylls. Metadataformatet kan också användas av forskare vid förberedelse av en vetenskaplig publikation. Det finns ofta krav från vetenskapliga tidskrifter att forskningsdata ska göras tillgängliga enligt FAIR principerna. För att uppfylla dessa krav kan beskrivande information med en stabil doi förberedas i väntan på att en studie ska accepteras för att sedan lägga till och publicera data.

Det finns flera artlistor, eller så kallade checklistor, tillgängliga. Det är helt enkelt en lista med artnamn. Några exempel är den nationella checklistan Dyntaxa Länk till annan webbplats., den svenska rödlistan Länk till annan webbplats. och listan över arter som bedöms vara invasiva i Sverige Länk till annan webbplats..

Artobservationer, går oftast in som fynddata, vilket är den bredaste och vanligaste datatypen. GBIF Sweden tillgängliggör data från naturhistoriska museer, universitet och myndigheter samt privata bolag. Några exempel på data som finns tillgängliga är Naturhistoriska riksmuseets ringmärkta fåglar Länk till annan webbplats., herbariesamlingar Länk till annan webbplats. och fossila djur Länk till annan webbplats.. En stor del av det data som finns tillgängligt utgörs av spontana observationer gjorda av medborgarforskare, exempelvis från Artportalen Länk till annan webbplats. och iNaturalist Länk till annan webbplats..

Genetiska data från exempelvis metagenomsekvensering eller miljö-DNA tillgängliggörs i nuläget som fynddata men arbete pågår med att utveckla standarder och datamodeller för att denna sorts data ska kunna representeras på ett bättre sätt.

Den sista och mest avancerade datatypen som GBIF Sweden tillgängliggör är det som kallas systematiskt insamlad data, eller stickprovsbaserad data. Det kan röra sig om inventeringar där en tydlig metod används, exempelvis årliga uppföljningar av övervakningsprogram eller forskningsdata. Några exempel på data som finns tillgängliga är från svenska Malaisefälleprojektet Länk till annan webbplats., SMHI:s marina inventeringar Länk till annan webbplats. (SHARK), Svensk fågeltaxering Länk till annan webbplats. och Svensk Dagfjärilsövervakning Länk till annan webbplats..

Samarbeten

Den svenska GBIF-noden finansieras främst av Vetenskapsrådet (VR) Länk till annan webbplats. som en del av den nationella forskningsinfrastrukturen SBDI, Swedish Biodiversity Data Infrastructure (Bidragsnummer: 2019-00242). Vetenskapsrådet administrerar medlemsavgiften till GBIF på uppdrag av den svenska regeringen, samt innehar dessutom rollen som den svenska GBIF-delegationens ordförande.

SBDI - Swedish Biodiversity Data Infrastructure Länk till annan webbplats. - är resultatet av en sammanslagning och konsolidering av svensk e-infrastruktur för forskning om biologisk mångfald och ekosystem. SBDI är en nationell forskningsinfrastruktur med bidrag från elva organisationer över hela Sverige: Naturhistoriska Riksmuseet (NRM; värdorganisation), Sveriges lantbruksuniversitet (SLU), Karolinska Institutet (KI), Linnéuniversitetet (LnU), Lunds universitet (LU), Kungliga Tekniska högskolan (KTH), Stockholms universitet (SU), Sveriges meteorologiska och hydrologiska institut (SMHI), Umeå universitet (UmU), Göteborgs universitet (GU) och Uppsala universitet (UU). Konsortiet täcker hela spektret av biodiversitetsdatakällor som representeras inom svensk forskning.

Mer information om globala samarbeten går att finna på https://www.gbif.org/partners Länk till annan webbplats.

Resurser och länkar

Länkar

GBIF:s globala dataportal: https://www.gbif.org/ Länk till annan webbplats.

GBIF Sweden: https://www.gbif.se/ Länk till annan webbplats.

SBDI:s dataportal: https://biodiversitydata.se/ Länk till annan webbplats.

GBIF:s datablogg: https://data-blog.gbif.org/ Länk till annan webbplats.

GBIF:s Community forum: https://discourse.gbif.org/ Länk till annan webbplats.

GBIF:s dataklubb: https://www.gbif.org/data-use-club Länk till annan webbplats.

Resurser

Manualer för publicering av data och senaste best practice: https://docs.gbif.org/documentation-guidelines/en/ Länk till annan webbplats.

Kursmaterial: https://www.gbif.org/training-old Länk till annan webbplats.

En snabbguide till DarwinCore standard (DwC) och gällande termer: https://dwc.tdwg.org/ Länk till annan webbplats.

Strategiska dokument

GBIF:s Strategiska ramverk: https://www.gbif.org/strategic-plan Länk till annan webbplats.

Evenemang

Aktuella konferenser, workshops, webinarier och andra kommande evenemang går att finna på https://www.gbif.se/events/ Länk till annan webbplats..

Utvalda publikationer

GBIF producerar en årlig sammanställning av forskning som gjorts möjlig med hjälp av data från GBIF. Den senaste s.k. Science review går att finna på https://www.gbif.org/science-review Länk till annan webbplats.
GBIF 20 år- en sammanställning av CODATA: https://doi.org/10.35035/ctzm-hz97 Länk till annan webbplats.
GBIF:s ekonomiska värdering – en oberoende studie av Deloitte Access Economics: https://www.deloitte.com/au/en/services/economics/perspectives/total-economic-value-open-access-database-living-world.html Länk till annan webbplats.
En sammanställning över hur GBIF-data används i forskning: Heberling et al. 2021, https://doi.org/10.1073/pnas.2018093118 Länk till annan webbplats.

Mailing address

GBIF Sweden
PO Box 500 07
104 05 Stockholm
Sweden

Kontakt med infrastrukturen

För allmänna frågor och support, använd gbif@nrm.se. Det är också möjligt att kontakta oss via SBDI:s supportformulär Länk till annan webbplats.. Önskas avancerat användarstöd, exempelvis utveckling av applikationer eller analyser så använd SBDIs supportformulär.

Kontakta nodledaren för GBIF Sweden om ni exempelvis vill ha stöd i att anordna en kurs eller workshop, nominera kandidater till GBIF:s priser, söka stöd för samarbetsprojekt inom CESP eller ansöka om att sätta upp en egen dataportal.